Et hold forskere rejser gennem universet i rumskibet Prometheus på en tur, der har til formål at udforske fremmede livsformer i rummet. Da de finder en mørk og mystisk hule (og om muligt en ny livsform), er lykken gjort, men den viser sig at være kort. Forskerholdet ender nu som strandet på en fremmed planet i det mørkeste hjørne af universet, og imens de må kæmpe for deres overlevelse, går det op for dem, at rædslerne ikke blot er en trussel mod dem selv, men en trussel mod hele menneskeheden.