Em março de 2029, ocorreu o pior ataque terrorista desde a Quarta Guerra Mundial, quando o vírus conhecido como Fire Starter se espalhou pela rede, resultando no assassinato do primeiro-ministro do Japão. Entre as vítimas colaterais está o tenente-coronel Kurtz, ex-superior da major Motoko Kusanagi, cuja equipa elite de agentes especializados em crimes cibernéticos e informáticos é designada para rastrear o vírus até sua origem. À medida que se aprofundam na investigação, descobrem evidências de corrupção no governo, bem como um misterioso corretor com um rosto que é muito familiar. Quando o alvo se pode parecer com alguém, a única opção que resta é confiar no fantasma...